日本海洋学会と日本水産学会の共催で行われていた生物と環境に関するシンポジウムが母体となり、1962年4月6日に宇田道隆代表、会員101名で水産海洋研究会が発足。「水産海洋研究会報」を年2回発行。
研究会、学会を基盤として地域研究集会が各地で結成
・1968年 第一回北洋シンポジウム開催
・1977年 第一回相模湾の環境と保全水産振興シンポジウム開催
・1983年 常磐鹿島灘の地域研究集会発足
・1986年 熊野灘水産海洋地域研究集会発足
・1989年 第一回九州・沖縄地区合同シンポジウム開催
・1998年 広島湾地域研究集会発足
・2005年 伊勢・三河湾の環境と漁業を考える研究集会発足
・2008年 駿河湾・伊豆海嶺地域研究集会発足
・2012年 日本海研究集会発足
・2013年 南九州研究集会発足
・2014年 三陸海域の水産業と海洋研究集会発足
・2015年 北海道水産海洋研究集会発足
・2018年 東部瀬戸内研究集会発足
・2019年 海と漁業と生態系に関する研究集会発足
1986年11月に東京で研究会発足25周年記念シンポジウム「21世紀の漁業と水産海洋研究」を開催。Dr. D.H. Cushing, Dr. R. Laskerを招聘。1986年より会報を年4回発行。
1988年4月に国際的な活動に対応し、研究会をより発展させるため水産海洋学会と改称。
1989年の53巻より学会誌の名称を「水産海洋研究」と改称。
1991年7月に東京で研究会発足30周年記念シンポジウム「水産海洋研究への提言」を開催。
1992年3月には当学会がスポンサー学会となって英国Blackwell Scientific Publications(現 Wiley)社から"Fisheries Oceanography"を創刊。同誌は国際的に高い評価を得ており、2001年から当学会の国際誌に位置づけ。
1999年の3号から「水産海洋研究」を変形A4版とし、表紙および各ページのレイアウトを一新。
急逝された松宮義晴博士の遺志により、若手研究者等の海外での研究発表への渡航費助成を目的に2000年夏に「松宮基金」を創設。2011年の活動終了までに、延べ26名に助成。「松宮基金」の精神を受け継ぐ後継事業として現在は海外渡航補助事業を実施。
2002年12月に東京大学弥生キャンパスで発足40周年記念大会および記念シンポジウム「資源変動のしくみと管理」を開催。
2011年3月に発生した東日本大震災に関連し、被災した会員への会費減免と会員からの義援金募集を実施。PICES/ICESから当学会に寄託された義援金と上記義援金の一部を合わせて「東日本大震災復興支援のための水産海洋学会 PICES/ICES基金」を創設。11課題を採択し震災復興のための水産海洋研究を支援。義援金の一部は(財)漁船海難維持育英会に寄付。
学会創立50周年記念事業の一環として、2012年11月に50周年記念研究発表大会を東京大学伊藤国際学術研究センターで開催。関連事業として水産海洋アーカイブスとして「水産海洋学会活動の50年」を出版するとともに、研究発表大会会場において記念展示。また学会発展に功績のあった会員40名と25団体を表彰。
2013年、日本学術会議食料科学委員会水産学分科会の呼びかけにより、「水産・海洋科学研究連絡協議会」が発足。当学会は発足メンバーとして参画。
学会創立50周年記念事業の一環として、2015年4月に「水産海洋学入門 海洋生物資源の持続的利用」を講談社サイエンティフィク社より出版。
2015年4月、学会としての機能強化と運営の一層の透明化を図るため法人化を行い「一般社団法人水産海洋学会」に移行。
一般社団法人水産海洋学会の発足に伴う会長挨拶
会計年度を4月〜翌年3月から2月〜翌年1月に変更。
新型コロナウィルス(COVID-19)感染拡大のため、2020年3月実施を予定していた水産海洋シンポジウム「陸域の人間活動が沿岸域の生態系と漁業資源に与える影響」を中止し、2020年9月の研究発表大会をオンデマンドウェビーナーで実施.また、2021年3月に実施予定であった水産海洋シンポジウム「商業捕鯨再開に伴う新たな鯨類資源調査・管理に向けた戦略」を中止。